Prof. Dr. Mehmet Haberal, Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklandığı gün (17 Nisan 2009) rahatsızlandığı iddiasıyla İstanbul Üniversitesi (İÜ) Kardiyoloji Enstitüsü’ne geldi ve Kardiyoloji Enstitüsü’ndeki hastane odasında 670 gün kaldı. 11 Şubat 2011’de Kardiyoloji Enstitüsü’nden İstanbul Halkalı’da bulunan Mehmet Akif Ersoy Göğüs Kalp ve Damar Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi’ne sevk edildi. Hastane, 3 gün içerisinde Prof. Dr. Haberal’ın sağlıklı olduğunu ortaya çıkardı. Adli Tıp Kurumu’ndan gelen yazıyla 28 gün sonra 11 Mart 2011 tarihinde Silivri Cezaevi’ne gönderildi. Prof. Dr. Haberal, 16 gündür Silivri Cezaevi’nde tutuklu bulunuyor.
Prof. Dr. Haberal’ın ifadesi video konferans yöntemiyle alınmıştı. İÜ Kardiyoloji Enstitüsü’nde tedavisi sürerken, Prof. Dr. Mehmet Haberal’ın ifadesinin alınması için avukatları, hastaneye ve Silivri’deki mahkeme salonuna video konferans sistemini kurdurmuş; sorgu sırasında avukatlar ve İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi yedek üye hâkimi Hüsnü Çalmuk, sanıkların hastanedeki odasında bulunmuştu.